Несмотря на тяжелую политическую ситуацию Древней Руси, вера народа не иссекала и даже наоборот, появлялись все новые и новые храмы. Помимо утешения, новые храмы означали и развитие искусства. На первый взгляд может показаться, что храм это только архитектура, но это будет ошибкой, ведь это целый комплекс куда входят: песнопения, изобразительное искусство и зодчество. Особенность храмового строения заключается в том, что фасад является отражением какого-то определенного периода, но внутреннее убранство, элементы декора, это своеобразный архитектурный язык времени, который рассказывает нам о происходивших событиях. К примеру, обилие крестов в декоре храма Спаса Преображения связывают с поминовением погибших в 1372 году новгородцев при разгроме Торжка тверским князем Михаилом Александровичем. Так мы можем убедиться, что в храмах не бывает лишних деталей, ведь всё в храме является участниками таинства, таинства союза Бога и Церкви. Церковь Спаса Преображения на Ильине улице является такой же архитектурной страницей летописи нашей истории.

Первая Новгородская летопись содержит запись о создании храма, которая указывает дату каменной постройки – 1374 год. Практически такая же запись приводится и в Лицевом летописном своде .

Тогда на месте старой деревянной церкви на Ильиной улице появилась каменная, она олицетворяла архитектурный стиль Новгорода, знаменуя наряду с более ранней церковью Федора Стратилата завершение процесса формирования нового направления в местном зодчестве. Помимо привычного посводного перекрытия здесь применялись восьмискатная форма и трёхлопастное завершение. Каменная церковь Спаса на Ильине демонстрирует еще одну отличительную черту новгородской архитектуры XIV в. – обилие декоративных элементов во внутренней отделке.

Запись в Третьей Новгородской летописи за 1378 г. сообщает о том, что тогда же церковь Спаса на Ильине была расписана Феофаном Греком, – одним из величайших иконописцев, которого для этой цели пригласили жители Ильиной улицы во главе со знатным новгородским боярином Василием Даниловичем, принадлежавший к роду Машковых.

Из сохранившихся фрагментов росписи можно выделить фреску со Спасом Вседержителем в куполе. Кроме этого, иконописец расписал барабан фигурами праотцев и пророков Ильи и Иоанна Предтечи. Стоит отметить росписи апсиды с фрагментарным чином святителей и «Евхаристии», часть фигуры Богородицы на одном из алтарных столбов, «Крещение», «Рождество Христово», «Сретение», «Проповедь Христа апостолам» и «Сошествие во ад» на сводах и стенах. Хорошая сохранность отличает фрески Троицкого придела.

Феофан Грек ощутимо повлиял на искусство Новгорода, что можно увидеть из росписей церкви Успения Богородицы на Волотовом поле и Фёдора Стратилата «на Ручью».

После постигавших город пожаров пострадавшие фрески промывали щёлочью, данная технология использовалась во многих русских церквях. В течение XVII-XVIII вв. фрески Спаса на Ильине были частично утрачены, а затем подверглись забелке, что также не было исключением из правил.

Уже в прошлом веке, точнее в 1913, 1918, 1920-1921, 1936 и 1968 гг. проводились реставрационные работы, которые позволили открыть сохранившиеся храмовые фрески. В 1960-е гг. реставраторы из Москвы установили, что часть росписей еще скрыта побелкой.