История создания псковского музея-заповедника восходит ко второй половине XIX в., когда при статистическом комитете г. Псков было решено устроить музей. С разрешения предводителя псковских дворян Александра Борисовича Фитингофа новоучреждённый музей разместился на включавшем три комнаты втором этаже здания губернского дворянского собрания. Однако ввиду того, что количество музейных экспонатов постепенно увеличивалось, главным образом за счёт преподносившихся в дар или поступавших из других ведомств находок – монет, рукописей, оружия, икон и т.д., – апартаменты, которыми располагал музей, стали тесными и его руководство вынуждено было заняться поисками нового более просторного помещения. Результатом этих поисков стал переезд музейного корпуса в 1902 г. в здание Поганкиных палат, ранее находившегося в распоряжении Военного министерства. Главным образом этому поспособствовал император Николай II, который по ходатайству предводителя псковского дворянства Николая Ивановича Новосильцева в 1900 г. Поганкины палаты передал во владение Псковского археологического общества.

С началом Великой Отечественной войны, уничтожившей почти все музейные здания, самые ценные экспонаты, датированные XV-XIX вв., на поезде были вывезены в г. Советск Кировской области. Однако не все музейное достояние удалось спасти, многие экспонаты впоследствии оказались за пределами Советского государства, в первую очередь в Германии, куда был вывезен целый ряд музейных артефактов: рукописные и старопечатные книги, произведения древнерусской живописи и др.

Таким образом, и псковский музей-заповедник не избежал участи, постигшей большинство культурных учреждений, оказавшихся на оккупированных территориях в годы Великой Отечественной войны: он получил ущерб, от которого не мог оправиться в течение последующего десятка лет.

В настоящее время комплекс Псковского музея-заповедника включает 13 объектов в Пскове и 5 филиалов в области и является одним из старейших в России. На территории заповедника работает экскурсионное бюро. В стенах музея ежегодно проводится конференция «Земля Псковская, древняя и современная», в которой, помимо сотрудников музея-заповедника, принимают участие представители иных общественных организаций.