До сих пор не известно, когда и кем была основана данная обитель. В летописях, есть отрывочные сведения, что изборские крестьяне случайно обнаружили вход в пещеры во время рубки леса. Согласно преданию, здесь стали жить покинувшие Киево — Печорскую лавру, которые спасались от набегов крымских татар, как они забрались так далеко на север, не известно.

Монастырь является одной из крупнейших и известнейших обителей России, а также важным паломническим центром, который сохраняет духовные скрепы государства.